病理科建于1985年，面积550平方米，下设取材室、细胞室、技术室、免疫组化室、图文报告室、病理诊断室、资料室、临床基因扩增实验室等。科室拥有生物安全二级分子病理实验室，能够提供分子病理检测服务。年常规组织病理诊断量15000例，液基细胞学5000例，快速病理诊断800例。

病理科现有职工12人，其中博士1人，硕士3人，副主任医师3名，副主任技师1人。科室成员近年来发表论文十余篇，其中SCI收录论文3篇。主持市区级课题4项。病理科自2013年起承担江苏建康职业技术学院的病理教学及实习生带教工作。先后获得江苏好青年、南京市中青年拔尖人才、浦口区十佳青年等多项省市区级荣誉，在江苏省和南京市病理学界受到广泛好评。

淋巴瘤病理亚专科是医院和科室重点发展的学科方向，年诊断淋巴瘤数百例，在慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞淋巴瘤的诊断方面积累了丰富的经验。

早癌诊断是科室的特色项目，能够为患者提供规范化的早癌诊断报告。